（一）人种更替说：认为在日本列岛曾发生一次乃至两次人种更替。如在19世纪80年代，解削学家小金井良精认为，在绳纹时代生活于日本列岛的原住民是阿伊努入，绳纹时代后他们被大陆来的其他人种驱赶往北方。

（二）混血说：认为原日本人（旧石器时代的日本人）在绳纹时代之后，与大陆或南洋诸岛移居来的其他人种混血，逐渐形成现代日本人。医学家清野谦次首先提出混血说，直至20世纪30年代，仍为学界主流。

（三）演变说（或称连续说）：认为绳纹时代的日本人由于生活方式的变化，其体质逐渐演变，成为弥生时代人、古坟时代人乃至现代日本人。它更为重视人种的继承性，既不赞同人种更替说，也不大重视混血对日本民族构成的影响。二战后，东京大学人类学研究室的长谷部言人和铃木尚教授持此说，至今对学界仍有影响。