有害，低毒。亚甲基蓝为发亮的深绿色结晶或细小深褐色粉末，带青铜光泽，无气味，在空气中稳定，溶于水，溶于乙醇。低毒，避免皮肤和眼睛接触。

亚甲基蓝是一种吩噻嗪盐，正电荷不稳定。外观为深绿色青铜光泽结晶（三水合物），可溶于水／乙醇，不溶于醚类。亚甲基蓝在空气中较稳定，其水溶液呈碱性，有毒。亚甲基蓝广泛应用于化学指示剂、染料、生物染色剂和药物等方面。在亚甲蓝的溶液中加入稀硫酸，会使溶液褪色，若迅速加入氨水或露置于空气中则可以恢复。